Ausgehend von einem kompakten Kernbereich vergesellschaften sich Mikroorganismen in einem Biofilm, der über eine schleimartige Matrix (extrazelluläre Polymere, EPS) verbunden ist. Die Lebensweise in einem Biofilm bietet viele Vorteile, besonders im Hinblick auf Schutz vor Hemmstoffen, Belastungsstößen und unterschiedlichen Milieubedingungen. Der EPS-Film hat eine puffernde, schützende und ausgleichende Wirkung. Die große Mehrzahl der Bakterien findet sich daher in sessiler Form (nicht planktonisch).
In einem derartigen Biofilm können sehr unterschiedliche Bakterien angesiedelt sein, die sich in ihrem Stoffwechsel ergänzen. Zwischen den einzelnen Bakterien kann eine Kommunikation über chemische Botenstoffe erfolgen, womit z.B. der Stoffwechsel und die Populationsdichte geregelt werden.


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